飛納掃描電鏡在質檢工作中一直起著非常重要的作用，廣泛應用于金屬材料、無機非金屬材料以及高分子材料的微觀形貌分析檢測等工作中。由于傳統的高真空掃描電鏡難干直接觀察檢測不導電樣品，而對非導電樣品進行噴金成者噴碳處理后雖然可以用傳統的掃描電鏡進行檢測，但是這使得檢測過程費時費力，而且對于樣品的微觀形貌會造成影響和干擾，在用掃描電鏡的能譜儀配件進行樣品的成分檢測時也會影響到檢測結果，對于含水樣品及不適合噴金處理的半導體樣品，傳統的掃描電鏡則不適合進行檢測工作。因此，傳統的高真空掃描電鏡在質檢工作中有很大的局限性。
飛納掃描電鏡的發展極大的擴展了掃描電鏡在質檢中的應用，而且極大的節省了樣品的處理時間與樣品的檢測時間，并且降低了檢測結果的各種干擾因素，使得檢測結果更準確。
常規掃描電鏡的樣品室的真空度要求一般要小于10-3Pa，對樣品的要求比較高。樣品需要通過復雜的處理過程才能進行檢測，而處理樣品則需要浪費很大的人力和物力，并且處理樣品的過程會對樣品的微觀形貌造成影響，會影響樣品檢測的結果。而飛納掃描電鏡則可以直接觀察不導電的樣品或者動植物樣品，這擴展了掃描電鏡的應用范圍，減低了人力物力，并且可以提高檢測精度。
很多樣品內部不是致密結構，如水泥、多孔陶瓷、粉末冶金制品等，在使用傳統顯微鏡時，樣品室在抽真空時會比較困難，即使達到真空要求也需要較長的時間，對于強度弱的樣品甚至會破壞樣品.對掃描電鏡的使用壽命也會受到影晌。低真空掃描電子顯微鏡則不存在這些問題。
傳統高真空掃描電鏡在對不導電樣品進行成分分析時，可以通過噴金鍍膜處理，但噴金處理會在樣品表面增加一層金屬膜，對其成分分析會造成影響。不導電樣品不進行鍍膜處理，可以選擇較低的電壓對樣品進行觀察，但是不能進行成分分析。低真空掃描電鏡則可以直接對不導電樣品進行觀測的同時直接檢測樣品的化學成分。
